die Kontroll-Led kannst Du recht problemlos weglassen, ich finde sie nur für Kontrollzwecke recht nützlich. Mit den ersetzten Schottkys verringerst Du die Leistung nicht so stark, die Ladekurve wird sich evt. um etwa 1km/h verschieben, musste halt schneller fahren. Mit dem Weglassen der Serienkondensatoren reduzierst Du die Ladeleistung beim 12V-Gerät erheblich- selbst wenn Du sehr zügig unterwegs bist. Also die würde ich unbedingt nachträglich reinbauen. Wenn Du jetzt keine da hast komm bei mir vorbei- Du scheinst ja immer mal in Cottbus zu sein.
Mit Deinen Akkus ist wohl normal, voll sollten sie etwa 13V haben, leer sind sie bei 8.1V, die Hauptleistung liegt um 10.8V, darunter gehts schnell bergab. Sobald Du aber die Last abklemmst erholen sie sich sehr schnell und Du kannst tatsächlich zusehen, wie die Dinger offenbar wieder gut sind.
Deine AAA-Akkus sind auch nicht so extrem leistungsfähig, eine komplette Handyladung wird volle Akkus erfordern- oder viel besser eine Ladung bei der Fahrt (hier wird je nach Handylader wenig oder kein Strom mehr aus den Akkus benötigt), bringt aber erst richtig was wenn die Serienkondensatoren drin sind (ohne hast Du bei 20km/h deutlich weniger als die Hälfte des Ladestroms!).
Du kannst die Akkus ständig laden lassen, dafür ist das Gerät gebaut (Du hast aber Varistor und Thermoschalter nicht auch noch weggelassen? Die müssen rein!)
Der Anschluss der Akkus untereinander funktioniert mit verlöteten Akkus ab Besten (so 1-2cm Litze zwischen die einzelnen Zellen als Verbindung, ist sehr dauerhaltbar).