Mir ist spontan eingefallen, etwas mit Frankreich, also z.B. Basel - Belfort - Basançon - Lyon - Avignon, das sind aber schon so ca. 900 km.
Ihr könnt in Genf stattdessen starten, dann ist sind es 800.
Eventuell ist es umgekehrt besser, die Höhendifferenz zwischen Avignon und Genf ist auf 2 Wochen verteilt nicht so riesig.
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Die normale Nationalstraße führt ziemlich direkt und dafür doch ganz ordentlich durch das Jura. Die Bahnstrecke macht eine etwas südlichere Route, aber auch durchs Jura, wohl tunnelunterstützt.

"Normal" ist auf dieser Strecke der Eurovelo 6 zwischen Saône nördlich Lyon und Basel, ein großer Teil davon am Doubs entlang. Ich weiß nicht, was du mit der Nationalstraße meinst, wohl eine Schweizer Route mitten durch den Jura? Das ist für die Jahreszeit ganz schlecht, die Hochlagen im Jura sind recht kalt als sibirisch bekannt. Wenn, käme in der Schweiz noch Veloroute entlang der Seen am Jura-Rand in Frage, Neuenburger/Bieler See, Aare-Route u.ä., sofern man von Genf kommen sollte.

Grundsätzlich ist die Jahreszeit an der Rhone auch kritisch, gibt da gerne mal ungemütliche Fallwinde aus dem ggf. noch winterlichem Zentralmassiv. Wenn man schon so weit in den Süden mit der Bahn fahren sollte, kann man auch gleich eine Tour in Südfrankreich planen, Côte d'Azur, Provence-Hinterland. Côte d'Azur und ital. Riviera sind recht geschützte Buchten mit günstigem Mikroklima auch schon recht früh im Jahr, Mimosenblüte, Blumen-Karneval in Nizza sind z.B. die Stichworte. Da sind manche Mittelmeerregionen weit südlicher deutlich unbeständiger.

Die Bahn fährt in Frankreich durch den Jura übrigens auch am Doubs entlang und ohne Tunnels (nicht TGVs).