Die horizontale Sattelposition kann schon auch ein Problem sein - und bei Deiner Größe würd ich da eher drauf tippen, als auf die Kurbellänge. Beim Treten sollte das Knie etwa bei waagerechter Pedalstellung senkrecht über der Pedalachse sein.
Mir ist das selber mal passiert. Ich hab auch etwas schwächliche Knie und fahre ziemlich hohe Trittfrequenzen - was ja ein Muß für die Knieschonung ist. Einmal hab ich aber beim Spinningrad nicht genau auf die horizontale Position geachtet was mein Knie sofort mit Mosern quittiert hat.

Also der Tip mit der Trittfrequenz ist sicher wichtig und gut, mindestens genauso wichtig ist aber die richtige Sattelposition und zwar senkrecht und waagerecht.