Mit den ganzen Spektralmethoden, wie sie in der Elektrotechnik zum Einsatz kommen, kenne ich micht nicht wirklich aus. Ich glaube aber, dass dies hier eh nicht die richtige Herangehensweise ist. Hintergrund ist folgender: In der Elektrotechnik analysierst du in der Regel ein, wie auch immer geartetes, weitgehend zeitlich-periodisches Signal. Dieses wird von anderen, als periodisch angenommenen, Signalen überlagert. In solchen Situationen ist die Analyse mittels Fourier-Transformation angemessen und dem Problem angepasst.
Der Höhenverlauf eines Tracks ist aber keine zeitlich periodische Funktion! Hier sollte man wirklich, wie ich oben schon schrieb, detektieren, in welchen Bereichen ein Anstieg und wo ein Abstieg vorlag und dann entsprechend die Gesamtlängen der An- bzw. Abstiege summieren. Fährst du das Stilftser Joch rauf, dann rechnest du nur "Gifelhöhe-Ausgangsniveau" (oder eventuell noch abzüglich Sonderbehandlung der Miniabfahrt in Gomagoi), hinzu kommt ein kleiner Messfehler im Bereich der relativen barometrischen Höhenmessergenauigkeit (sollte unter 1m sein, der absolute Fehler der barometrischen Höhenmessung hebt sich in der Berechnung, wenn das Wetter nicht umspringt, sogar raus). Diese Genauigkeit bekommst du mit keiner anderen Variante, die mit mehr Unterteilungspunkten arbeitete, hin.

OT: Hab grade noch mal geschaut, was ein Tiefpassfilter macht. Wenn ich das richtig verstanden habe, dann gibt es, was die Anwendbarkeit betrifft, hier wohl zwei Probleme:
1) Die Amplitude der Störung ist nicht sonderlich hoch, es ist fraglich, ob der Filter da überhaupt viel unterdrückt. Erst durch das Aufsummierung der Störung (für die Mathematiker: Die L^1-Norm und nicht die L^2-Norm, für die die Fouriertransformation "gemacht" ist), handelst du dir größere Fehler sein.
2) Die Frequenz der Störung muss nicht wesentlich höher sein, als die des Tracks selber. Insbesondere wenn es über welliges Terrain geht oder man regelmäßig ne Deichkrone passiert, dann kann sich das schon in vergleichbaren Größenordnungen bewegen.