Mit den ganzen Spektralmethoden, wie sie in der Elektrotechnik zum Einsatz kommen, kenne ich micht nicht wirklich aus. Ich glaube aber, dass dies hier eh nicht die richtige Herangehensweise ist. Hintergrund ist folgender: In der Elektrotechnik analysierst du in der Regel ein, wie auch immer geartetes, weitgehend zeitlich-periodisches Signal. Dieses wird von anderen, als periodisch angenommenen, Signalen überlagert. In solchen Situationen ist die Analyse mittels Fourier-Transformation angemessen und dem Problem angepasst.
Der Höhenverlauf eines Tracks ist aber keine zeitlich periodische Funktion!
Ich will nicht sagen, dass der Tiefpassfilter zu nix führt, aber vom Rechenaufwand her ist er wohl nicht ohne und zumindest im Gebirge mit Sicherheit nicht besser als das von mir schon zweimal geschilderte Verfahren. Ich vermute, dass dies auch Basecamp nutzt. Eventuell wird vorher mit nem Tiefpassfilter geglättet, aber das ist reine Spekulation und meines Erachtens eher für die richtige Detektion "Anstieg/Abstieg" hilfreich, als zur eigentlichen Höhenmeterberechnung.
"Richtige Detektion"... - bei richtig und falsch sind Mathematiker aber sonst etwas genauer

. Ein einfaches TP-Filter ist nicht besonders aufwendig und sicher sinnvoll. Eher schon eine Heuristik, die aus der zeitlich äquidistanten Aufzeichnung ein entsprechendes örtliches Signal macht, das der Anwendung eines Filters bezüglich des Abschneidens von "Frequenzen" hier eher entspricht. Mit der FFT anzufangen, wäre hier sicherlich mit Kanonen auf Spatzen geschossen.
Übrigens, die Nachrichtentechnik hat sich durchaus schon mit nicht-periodischen Signalen beschäftigt

Eine theoretische Fourier-Analyse ist zunächst einmal auch nicht-periodisch. Auch Abtastung im Zeitbereich ändert daran nichts, periodisch wird dadurch erstmal nur das transformierte Signal im Frequenzbereich. Bei der Aufzeichnungsrate von GPS Geräten sollte das aber nicht relevant sein.
PS: Und bitte (ja, ich weiß, man soll Rechtschreibung nicht kritisieren, aber das hier tut dem Nachrichtentechniker im Herzen weh): Der Filter filtert Kaffee, das Filter filtert Signale, wie ein Prof mal treffend bemerkte.
http://de.wiktionary.org/wiki/Filter