Wenn Du da auch noch hin willst, würde ich vorschlagen, in Arequipa zu starten. Das liegt schon auf 2300 m und bietet eine ausgezeichnete Basis zur Grundakklimatisation neben einer sehr schönen Altstadt. Eine durchgängig asphaltierte Strecke führt zum Colca Canyon. Allerdings hast Du da den höchsten Punkt gleich zu Beginn: gut 4900 m, bevor es wieder runter geht nach Chivay (3600 m). Wenn Du also hochkommst und Beschwerden wegen der Höhe auftreten, kannst Du einfach wieder runterrollen. Zudem ist reger Tagesverkehr von allerlei Tour-Gruppen aus Arequipa, so dass Du auch im allergrößten Notfall nicht alleine dastehst.
Landschaftlich ist die Strecke ohnehin absolut lohnend. Würde dafür 3 Tage einplanen.
Anschließend gibt es zwei einsame wunderschöne Pisten über Espinar (ab da meist wieder Asphalt) nach Sicuani und weiter ins Valle Sagrada bzw. nach Cuzco. Insgesamt sind das ab Chivay 4-5 Tage.
Wenn Du Dir unterwegs noch was anschauen willst, sind also schon mal 2 Wochen weg bis nach Cuzco. Bei nur 4 Wochen insgesamt würde ich mir ernsthaft überlegen, mich nur zwischen Lima und Cuzco zu bewegen, oder eben nur im Süden und dann evtl. noch den Titicacasee dazu nehmen.
Inlandsflüge gibt es mehrere täglich ab Lima, sowohl nach Arequipa als auch nach Cuzco. Beide mit sehr interessanten Landeanflügen...

Viel Spaß

zaher