Du kannst den fertigen Track auch in gpsies mit den fehlenden Höheninfos ergänzen. Dazu nur anklicken, das die vorhandenen Höheninfos ersetzt werden sollen. Dann erneut in BaseCamp importieren.
So ähnlich mache ich das auch: Planung in Basecamp, exportieren, mittels GPXEditor Höhen dazu laden und nach Korrektur der <gpx>-Element-Attribute

in Basecamp reimportieren. Etwas umständlich, aber zuverlässige Höhen. Der GPXEditor kann auch noch anderes, vor allem die Point Reduction ist um Welten besser als die von Basecamp, letztere unbrauchbar.