Jedes halbwegs brauchbare GPS-Gerät berechnet Höhendaten aus einer Mischung von GPS-Messung, digitalem Höhenmodell und Barometer (falls vorhanden). Mit welcher Methode, ist leider nicht bekannt und je nach Gerät und Software verschieden.
Wenn du dir da so sicher bist, lerne ich gern dazu. Mein Vista Hcx wird auch im Segelsport eingesetzt und da wäre ein Rückgriff auf Höhendaten aus der Karte enorm unpraktisch, ja sogar u.U. kritisch, daher kann ich das einfach nicht so recht glauben. Bei Geräten ohne barometrische Höhenmessung kann ich mir ein solches Vorgehen vorstellen, einfach um eine gewisse Genauigkeit zu garantieren. Aber schon der Luftdrucksensor meins Fahrradcomputers zeigt, dass die barometrische Höhenmessung (einmal kalibriert) derart genau ist (wir reden da von 1m und weniger, nicht max 10m wie bei SRTM), dass ich als GPS-Gerät-Hersteller dies nicht durch eine Abhängigkeit von Kartendaten aufs Spiel setzen würde.
P.S.: Ich würde mir bei der manuellen Höhenmeteranalyse gar nicht die Mühe machen, Höhenlinien zu zählen. Es reicht zu schauen: Wo war man lokal unten, wo lokal oben und dann einfach die entsprechenden Höhendifferenzen addieren.