Hallo Kathrin,
wir haben 2003 die umgekehrte Strecke gemacht von Füssen (Lech) bis Hamburg.
Viele Teile unserer Strecke und deiner Planung decken sich.
Flensburg - westlich von HH zur Elbe bieten sich Nordseeküstenradweg oder Ochsenweg an.
Dann würde ich empfehlen Elbe bis Cuxhafen-Nordsee-Wesermündung und dann den Weserradweg komplett bis Werra oder zur Weser abkürzen über Rothenburg (Wümme) nach Verden (Aller/Weser).
Von der Werra zum Main wirst Du keinen flachen Übergang finden. Sind mehr oder weniger Steigungen dabei. Kannst bis zur Quelle rauffahren und dann über Coburg zum Main oder vorher über Rodach-Itzgrund-Radweg vorbei an Coburg zum Main.
Den Main würde ich bei Bamberg verlassen und dann am Main-Donaukanal bis Nürnberg fahren. Von dort hast Du gen Süden mehrere Radwege zur Auswahl (z.B. 5 Flüsse, Tour de Barock) Auf jeden Fall zur Altmühl, diese aufwärts und dann zur Wörnitz nach Harburg.
Wörnitz bis Donauwörth und dann Lech bis Füssen. Lechradweg gibt es nicht. Aber am Lech entlang laufen Radweg romantische Straße und Via-Claudia Augusta (teilweise gemeinsam oder auf unterschiedlichen Routen).
Alle Wege sind überwiegend gut (Asphalt) befahrbar, Du musst aber auch mit Schotterwegen und wenigen Waldwegen/Pfaden rechnen (z.B. Werra, Main und Lech).
Wir haben überall problemlos Privatquartiere, Jugendherbergen und Gasthöfe gefunden. Beachte, das Du in Bayern nicht in Jugendherbergen übernachten kannst, wenn Du über 27 Jahre bist und keine Kinder dabei hast!
Füssen-GAP gibt es in Deutschland viele Möglichkeiten durchs Allgäu, oder über Österreich Reutte/Plansee (ist aber alles nicht flach).
MfG
Wolfgang