2000hm auf 500km können sich homogen verteilen, dann sind das 4hm/km. Das ist praktisch flach, nehmen wir mal idealisiert an, dass wir das mit 25km/h in 20h durchfahren können.
Ich behaupte, dass sich die Höhenmeter dennoch durch eine verringerte Geschwindigkeit bemerkbar machen, im Vergleich mit einer tatsächlich flachen Strecke.
Kann sein. Ich wollte nur darauf hinaus, dass der Einfluss erheblich geringer ist, wenn sich die Höhenmeter auf geringe Steigungen verteilen, als wenn die Höhenmeter auf Passagen zuschlagen, die das Tempo ordentlich in den Keller drücken. Hintergrund ist, dass sich die Durchschnittsgeschwindigkeit eben nicht als arithmetische Mittelung über den Weg, sondern über die Fahrzeit; oder anders ausgedrückt als (gewichtete) harmonische Mittelung über die Fahrtstrecke ergibt.
Unabhängig davon berücksichtigt die Rechnung nicht den Luftwiderstand, der (wie Du ja weißt) nicht linear mit der Geschwindigkeit steigt. Auf der zweiten Strecke ist dieser bei den letzten 20 km praktisch nicht vorhanden.
Spielt hier aber faktisch keine Rolle. Entscheidend ist, dass man im Anstieg so viel Zeit verliert, die kann man auch auf einer schnellen Abfahrt nicht wieder rausholen. Dass bergauf der Luftwiderstand wegfällt, ist eher vernachlässigbar. Dass er bergab erheblich ist, fällt auf, aber da man die Abfahrt in hoher Geschwindigkeit fährt, spielt dies eben wegen der harmonischen Mittelung wiederum nicht sooo die Rolle. Umso schneller man runter fährt, umso weniger lange ist man schnell.

Und dann kommt dazu, dass die Höhenmodelle normalerweise keine Tunnel berücksichtigen.
Das stimmt, wobei in Gegenden mit Tunneln die steilen Berghänge noch deutlich mehr zuverlässige Höhenmeterprognosen verhageln dürften.