ich bin ja so blind... Die KML Dateien enthalten ja die Höhenangaben, nach jedem Koordinatenpaar kommt als dritter Parameter die Höhenangabe. Die ist in der Datei, in die ich nachgesehen hatte auch schon in der Ausgangsdatei 0. Wenn im gpx was drin stand, steht es auch im kml. Sowohl über gpsies.com als auch über gps Trackmaker erstellt.
Also spricht nichts mehr gegen Deine ursprüngliche Lösung.

Gruß
Matthias