Hallo Patrick,
der Grund für die Vibrationen ist vermutlich bei der Kassette zu suchen. Das legt sich nach ~500km. Den Knien mach das nicht.
Bei Knieproblemen solltest Du die Trittfrequenz sowie deine Sitzposition kritisch beurteilen. Bei der Sitzposition ist die Sattelhöhe sehr wichtig als auch dessen Horizontale Position des Sattels. Bei Horizontaler Kurbel sollte das Kniegelenk über der Pedalachse des vorderen Pedals sein.
Ggf. hat auch der sogenannte Q-Faktor eine Bedeutung.
Rechne mal deine Trittfrequenz aus, anzustreben ist eine um 90 bis 100 1/min.
Das Du den Fuß mit dem Ballen auf dem Pedal hast, davon gehe ich aus.
Edit: 80 1/min ist noch nicht so kritisch, denke ich. Aber ein bisschen mehr ist besser.
Gruß
Thomas