Hallo,
ohne alle bisherigen Tipps im einzelnen durchgelesen zu haben, hier auf die Schnelle das, was mir aus meiner Erfahrung dazu einfällt:
Der Eurovelo 6 bis Chalon ist landschaftlich sehr schön und fast ohne Steigungen. Anschließend den schon angesprochenen Bahntrassenradweg Chalon-Cluny-Mâcon.
Von dort bin ich damals (2008) über kleine, verkehrsarme Sträßchen nach Lyon (ok, große Stadt, aber sehr sehenswert).
Daß das Rhonetal für die weitere Fahrt Richtung Süden als steigungsarme Alternative gut zu fahren ist, überwiegend auf kleinsten Sträßchen fast ohne Verkehr,und landschaftlich auch nicht völlig reizlos, kann ich aus eigener Erfahrung sagen und hatte es auch mal etwas ausführlicher in einem Thread beschrieben (mal die Liste meiner Beiträge durchstöbern).
Falls Ihr doch ein paar Steigungen in beeindruckender Landschaft wagen wollt, könntet Ihr aus dem Rhonetal die Schlucht der Ardeche aufwärts ins Zentralmassiv (das kenne ich selbst noch nicht) und dann irgendwie in die Cevennen. Ich bin letztes jahr von Norden über den Col de Finiels in die Cevennen reingekommen. Man könnte (so habe ich es gemacht und es hat mir sehr gut gefallen) von Le Pont de Montvert die Schlucht des Tarn abwärts bis Le Rozier, das Tal der Jonte aufwärts, über Meyrueis, und dann das Tal des Hérault abwärts aus den Cevennen nach Süden heraus, und dann ist man auch schon fast in Montpellier. Vielleicht vorher noch über den Mont Aigoual, das wäre dann natürlich einiges an Steigungen, aber auf jeden Fall ein tolles Erlebnis. Ich fand es durchaus machbar. Wie gesagt, durch die Cevennen wäre zwar entgegen Deiner Anfrage doch mit Einigem an Höhenmetern verbunden, aber landschaftlich traumhaft.
Von Freiburg nach Lyon auf der oben beschriebenen Route habe ich 6 Tage gebraucht, bei so ca. 70-80 km pro Tag (im Schnitt), vielleicht hilft Euch das als Anhaltspunkt für die Zeitplanung.
Viel Spaß, egal, für welche Route Ihr Euch entscheidet, Frankreich ist ein tolles Radreiseland!