Das Manko, daß man im Internet-Bestellsystem der Bahn keine Fahrradkarte bekommt ist mir auch schon seit Jahren ein Ärgernis.Wenn man für Fahrrad reservierungspflichtige Züge benutzt, führt der sichere Weg, wie Du schon festgestellt hast, zum Schalter der Bahn.
Ich benutze diese reservierungspflichtigen Züge nur für sehr weite Fahrten mit Bahn und Fahrrad ins Ausland. In Deutschland nehme ich die Nahverkehrszüge. Mit denen komme ich immer ohne Reservierung mit und bin flexibel bei den Abfahrtszeiten. Für die Strecke Düsseldorf - Rostock bist Du mit den Nahverkhrszügen etwa eine Stunde länger unterwegs als mit den "Schnellzügen".
Mit einem "Schönem Wochende Ticket" zu 30 Euro kommt man an einem Tag im Nahverkehr von München nach Rostock. Man muß dazu allerdings ein routinierter, schneller Umsteiger sein, am besten nur mit 2 Fahrradtaschen ausgerüstet.