Die Flexteile sind an der Stelle durchaus sinnvoll. Einfach beim Seiltausch genau anschauen. Der Aufbau ist recht simpel, außen der Spiraldraht, innen ein Kunststoffrohr. Wenn der Zug sich schon in den Kunststoff "reingesägt" hat, würde ich den austauschen. Nach 60Mm kann das sehr gut sein. Wenn die Züge fluffig durch die Biegung gleiten, dann kannst du diese Teile auch weiter nutzen. Aber gerade weil der Zugtausch bei der Rohloff ein gewisser Pain ist und du da nicht so oft ran willst, kann man die nach der Laufleistung auch prophylaktisch mittauschen.
Du kannst übrigens anstatt der flexiblen Dinger starre Führungshülsen nehmen. Die 90°-Variante scheint mir bei dir geeignet. Oder du lässt es weg, dann muss die neue Außenhülle aber vermutlich ein ganzs Stück länger ausfallen. Beim Ablängen den vollen Lenkeinschlag zu beiden Seiten berücksichtigen.

Wie du die Züge "nummerierst" ist mir nicht ganz klar. Aber die Rasterung sitzt, wie schon mehrfach erwähnt, in der Nabe. Die "Zugspannung" sollte ohne Schaltgriffbetätigung ganz entspannt "null" sein. In der Bedienungsanleitung ist das auch ganz gut beschrieben, den Drehgriff mit zwei spitzen Finger packen und da muss er sich ganz fluffig zwei, drei mm in beide Richtungen drehen lassen, bevor der Widerstand für die nächste Schaltrasterung kommt.
Wenn das nicht der Fall ist, dann würde ich auch wie andere Vorredner darauf tippen, dass sich da ein Drahtiegel in der Schaltbox bildet. Und dann schnellsten Züge tauschen, und schauen, ob noch mehr kaputt gegangen ist!

Ach ja, zum Kürzen der Außenhülle musst du die Klemmung des Innenzugs lösen (sonst schnippelst du beim Kürzen ja beides durch). Und auch das hatten wir oben schon mal, du kannst den gleichen Bowdenzug nicht mehrfach neu klemmen. Also nach dem Kürzen müsstest du sowieso den Innenzug tauschen...