Genau das ist der Punkt, könnte sein, dass du danach zentrieren musst. Die Kunst des Zentrierens besteht darin einen möglichst optimalen Kompromiss aus gleichmäßiger Speichenspannung, Rundlauf und möglichst hoher, aber noch spezifikationsgemäßer Speichenspannung hinzubekommen.

Wenn die Speichenspannung aber wirklich arg ungleichmäßig ist, würde ich die zu stark gespannten Speichen entlasten, die zu laschen anziehen. Das Ganze im Zentrierständer und dabei schauen, dass der Rundlauf nicht völlig kaputt geht. Solange du dabei in beide Richtungen korrigierst, sollte sich an der mittleren Speichenspannung wenig tun und wenn die initiale Einspeichung ok war, brauchst du dann auch kein Tensiometer. Anschließend Feinzentrieren, so dass der Rundlauf passt.

Ach ja, noch ne Warnung: Es ist völlig normal, dass links und rechts verschieden starke Speichenspannungen vorliegen (insbesondere beim Kettenschaltungshinterrad, aber auch allen anderen nicht völlig symmetrischen Laufrädern). Wenn du das ausgleichst, ruinierst du dir die mittige Ausrichtung der Felge. Also Ausgleich immer nur zwischen allen linken bzw. allen rechten Speichen herstellen!

Erfahrungsgemäß sind die Speichen aber eher nicht schuld am Knacken. Kannst du recht leicht prüfen: Wenn das Knacken vor allem beim Antreten oder beim Bremsen auftritt, liegts eher nicht an den Speichen. Wenns auch beim Rollen auftritt, sind sie schon ein heißer Kandidat.