In Deutschland kannst du dich gut an den Strecken von "Direktverbindung" orientieren. Die sind schon auf flottes vorankommen optimiert. Andere Möglichkeit wäre die Flussläufe über Profilkarten rauszusuchen, dann die Orte mit einem Radroutenplaner verbinden und schauen, wieviel HM das werden.
Grundsätzlich reist man mit dem Rad an Flußläufen mit relativ wenig Steigung. Jedoch stimmt häufig die Richtung nicht, so dass man sich eine Querung in ein anderes Flusssystem überlegen muss.
Sinnvoll ist es sicher, sich zunächst klar zu werden, welchen Alpenpass man nehmen möchte (Verkehrsbelastung, Steigung, Jahreszeit ...). Die Route zum Passeinstieg lässt sich von Norddeutschland variabel danach ausrichten. Tipps zu den Pässen gibt es bereits reichlich hier im Forum/ Wiki.
Ich persönlich plane gerne "von Hand", aber mit den technischen Hilfsmitteln, weil es mir Spaß macht damit zu spielen. Zudem lernt man eben auch viel über Wegesysteme.