Tja, und je mehr Routen jemand kennt, desto mehr Schweiß auf der Stirn...
Ohne konkretere Vorgaben würde ich daher keine Routenempfehlung geben wollen. Bei 2 Wochen muss man wissen, was die Prioritäten und welche Eckdaten dabei sind.

Trotzdem in Ergänzung noch ein paar Schlaglichter:
- ich halte das Appenzellerland mit seiner Kultur und Landschaft für guten Spiegel Schweizerischer Charakeristik, auch gwissermaßen als "Postkarten-Schweiz"
- soll die Tour die nationale Identität der Schweiz miterkunden, führt kein Weg an den Urkantonen um den Vierwaldstätter See mit den gewichtigen Wilhelm-Tell-Stationen als Mythos vorbei (ist auch einer der schönsten Seen nebenbei)
- der Rhein hat auch ein große symbolische Bedeutung, daher würde ich auch ein paar Aspekte dieses Flusses in die Tour einbauen (Rheinfall, Via Mala, Rheinschlucht zwischen Reichenau und Ilanz über Versam, Rheinquellpass Lukmanier (vorzugsweise) oder Oberalp)
- ideal wäre, die Tour in alle Sprachgebiete der Schweiz zu führen (Rätoromanische Schweiz, Deutsch-Schweiz, Westschweiz, Tessin). In 2 Wochen ist das aber kaum sinnvoll, diese Sprachgebiete auch noch auf sonstwie geeigneten Routen zu erschließen. Ein Dilemma!
- eine Schweiz-Tour sollte an einem der großen Gletscher der Schweiz vorbeiführen (Rhone, Morteratsch, Aletsch - dieser leider nur per zusätzlich Bergexkursion erreichbar)
- auch die Fahrt zu den großen Nationalbergen ist ein Kernpunkt für eine Schweizreise: Monte Rosa und Matterhorn sind leider nur per Stichstraße zu erreichen (und ggf. weiterer Bergbahnen), Jungfrau-Mönch-Eiger können in geeigneter Weise vom Rad aus über die Große Scheidegg ins Auge genommen werden, der Säntis ist bei einer Appenzellerland-Route dabei
- neben schon genannten Pass-Favoriten nenne ich noch den Sanetschpass (inkl. Rad in Gondel) und den Sustenpass (mit Steingletscher auf der Westseite)
- neben genannten Orten nenne ich Aarau und Luzern als die mittschönsten Städte
- führt die Reise ins Tessin, gehört das Val Centovalli dazu