Mit Schwarzwald kenne ich mich nicht so gut aus, ich bin nur durch die Ecke östlich von Karlsruhe und Baden-Baden ein bißchen gefahren.

Aber weiter im Süden kenne ich es dann wieder eher.
Für den Bodensee würde ich die Schweizer Seite empfehlen. Oder auf der deutschen Seite die E54/N31 fahren, nicht aber den Bodenseeradweg. Da sind zu viele nervige Fußgänger, es ist einfach eine Fehlplanung einen frequentierten Fußwanderweg mit so einer Veloroute auf einem schmalen Weg zu bündeln.

Singen kannst Du wohl nördlich umfahren. Oder wenn Du schon in Stein am Rhein in die Schweiz willst, auch westlich. Grob gesagt kannst Du auf der N314 kommen, wie in dem anderen Vorschlag angedeutet. Kurz vor Singen ist eine Kreuzung mit der N34, rechts geht es nach Schaffhausen und Gottmadingen, links nach Singen-Mitte und Lindau. Geradeaus nach Singen-Süd. Du kannst die beiden Tunnel benutzen, aber die Umfahrung ist hier vielleicht mit einem kleinen Vorteil verbunden. Du überquerst die Bahnstrecke statt sie zu unterqueren. Dann fährst Du rechts und folgst der asphaltierten Straße, die irgendwann wieder nach Süden abbiegt. Dann kommst Du auf die Straße von Gottmadingen nach Rielasingen, fährst nach Rielasingen und dann über Moskau nach Stein am Rhein.