Hallo,
Meine Empfehlungen (aus mehrfachen, etappenweise zehnfachen Befahrungen) lauten:
von Passau weg die rechte (österreichische) Donauseite wählen, dort wurde der Radweg in den letzten Jahren wunderbar ausgebaut und ist viel ruhiger und kurzweiliger als entlang der deutschen Bundesstraße.
In Obernzell oder Engelhartszell mit der Fähre auf die linke Seite wechseln. In Schlögen bei Hitze wieder auf die rechte Seite (bei kühlerem Wetter würde ich die erwähnte Längsfähre benutzen, dann musst du bei Obermühl aber zwangsweise wieder auf die rechte Seite). Dann immer weiter auf der rechten Seite bis zum Kraftwerk Ottensheim und entweder über den Staudamm oder ein paarhundert Meter später mit der Fähre auf die linke Seite.
Dann weiter auf der linken Seite durch Linz durch und bis Grein dort bleiben. In Grein (Donaubrücke kurz vor Grein) würde ich wieder auf die rechte Seite wechseln und in Ybbs (Kraftwerk Persenbeug) wieder zurück auf die Linke. Dann immer weiter auf der linken Seite durch die gesamte Wachau.
Ab Krems kann ich dir keine eindeutige Empfehlung mehr abgeben. Linksseitig ist wahrscheinlich ein wenig interessanter, aber für mehrere Kilometer recht holprig.
Hans