Hallo Martin!
Bei deinen Aufzeichnungen sieht es, so scheints mir, nach einem Aufzeichnungsproblem bzw. Empfangsgenauigkeitsproblem aus. Wenn die Änderungen der Einstellungen nix bringen, dann kann auch die Summe aller Fehler (Aufzeichnung, Konvertierung mit Filterung, Genauigkeit der Karten + Luftbilder) zu den Abweichungen führen.

Zum Thema Top50 würde ich dir noch zusätzlich die Generalkarte D vom Mairs Geogr. Verlag empfehlen (CD, 15,-), da ist ein rel. aktueller Geo Grid Viewer dabei, dem man auch das Navigations-Plugin des Herstellers "einpflanzen" kann.
Wenn du mit einer Anschaffung von SW noch was warten kannst, dann würde ich dir das empfehlen.
Die Top50NRW wird incl. dem aktuellsten Geo Grid Viewer demnächst erscheinen, zusätzlich kann man die Rad + Wanderrouten CD (Version 2) erwerben, die praktisch die Routen als .ovl-Daten enthält. --> Bei dem Weg: Hat einer die V2? Hatte mal die V1, die besch... war.
Die Top50NRW V4 gibts daher rel. günstig direkt beim Lverma NRW.

Desweiteren wird die Garmin TopoD neu erscheinen und die z.Z. auf dem Markt befindliche Version ersetzen. Zum Erscheinungstermin gibts unterschiedliche Angaben, da weiß ich auch nix genaueres. Enthalten werden darin aber u.a. mehrere tausend KM an Radrouten.

Auch werden weitere Tourenplanungsprogramme neu erscheinen (wie bereits von mir schon mal geschrieben).

Für eine gute Übersicht über die aktuell auf dem Markt befindlichen Programme, kann ich den / die Artikel in der Zeitschrift aktiv radfahren empfehlen.
Der Autor dieser Artikel wird am 28.10.07 einen weiteren Kurs hier in Bochum geben (sein 3. Kurs hier in Bo; Veranstalter ist der ADFC KV Bo, s. auch die entsprechenden Themen zu den vergangenen Kursen von mir bzw. uns), Schwerpunkt wird Tourenplanung am PC / Laptop sein (werden voraussichtl. gestellt) sein, weitere Infos die Tage hier in einem eigenen Thema, bzw. auf unserer ADFC-HP.
Nach Absprache ist auch ein persönlicher Termin möglich (allerdings nur noch in der kommenden Woche, Do o. Fr. abends, dann erst wieder im Okt.), oder auch direkte praktische Anwendung im Rahmen der Tour VII am 25.8.07 (s. Rubrik Treffpunkt). Kontakt, wenn Interesse, per PN / telefonisch.