ISO und JIS-Vierkante haben eine unterschiedliche Steigung und sind nicht kompatibel. ISO hat eine geringere Steigung. D.h. du bekommst dann, wenn vor deine Veloce-Kurbel auf eine JIS-Achse draufwürgst, eine zu weit außen liegende Kettenlinie und drückst im Zweifel den Vierkant der Kurbel klar. Ob das der Grund für das Knacken ist, kann ich dir nicht sagen.

Tretlagergehäuse planfräsen lassen, ist aber mit Sicherheit eine gute Idee (ohne dass das eine mit dem Anderen in irgendeinem Zusammenhang stünde).