Ich kann die Bedenken bei steilen Abfahrten gut verstehen, ich hasse die auch und wenn schottrig kanns sein ich schiebe, obwohl ich sie aufwärts teils schon fahren würde (so herum eh lieber).
Zum Thema: Ich selbst habe mich bisher dem Genfer See eigentlich fast immer über den Jura genähert. Zumindest aus Norden kommend (ansonsten auch schon mal vom Mt Saléve, was sehr hübsch ist, in diesem Fall wäre das aber nicht naheliegend).
Was spricht eigentlich dagegen die Tour ab Basel zu starten und von dort Richtung Biel (zb unter Einbeziehung der Velorouten 23 und 64)? Unterwegs lässt sich dann entscheiden ob man lieber an die Seen herunterfährt (wenn, dann empfehle ich in jedem Fall einen Besuch des Ortes Murten) oder ob es nicht schöner ist noch ein wenig oben zu bleiben. Auf der Schweizer Juraseite ergeben sich schon in halben Höhenlagen oft sehr eindrucksvolle Alpenpanoramen. Bei Bedarf lässt sich jederzeit an einen der Seen herunterfahren. Ganz flach ist das zwar nicht, aber von Norden kommend überschaubar.
Hinter dem Col de Pierre Pertuis gibt es ein paar sehr schöne Feldwege, die allerdings gemein steil werden können, das sind die kleinen Straßen einfacher.
Die Strecke zwischen dem Neuenburger und Genfer See ist ebenfalls am interessantesten über den Jura fahrbar (die Route übers Agrarland dazwischen ist eher unspektakulär, aber auch nicht schlecht, zudem schnell). Die erwähnte Strecke über den Lac de Joux ist vermutlich eine der einfacheren (ich habe sie auch als recht nett in Erinnerung).
Man kann sich natürlich auch von der französischen Juraseite nähern und dann zb vom Lac de Saint Point zum Lac de Joux queren (habe ich vor vielen Jahren einmal gemacht).
Es gibt da wirklich x- Möglichkeiten.
Das Schweizer Mittelland ist zwar jetzt nicht unattraktiv, aber in weiten Teilen schon recht dicht besiedelt, wenns Wetter im Jura oder den Alpen mies ist, aber dennoch die bessere Wahl.
Ich würde mich von eventuellen Steigungen nicht ins Bockshorn jagen lassen und wenns problematisch wird - zumindest in der Schweiz kann vielfach auf öffentliche Verkehrsmittel zurückgegriffen werden, wenns doch nicht klappt). Ein ebenfalls angenehmer Nebeneffekt: Der Jura gehört zu den preisgünstigeren Regionen. Und wer Käse mag ist hier auch richtig.
Ich bin in den letzten Jahren immer meistens hinter Genf ins Rhonetal abgefahren. Aber das ist eine Frage des Geschmacks und der Prioritäten.

Gruß

Naps: ich habe zwar auf Matthias geantwortet, der das alles eh schon weiß, Christine wirds aber schon auch lesen