Zwischen Neuenburger See (Yverdon-les-Bains) und Genfer See kenne ich keine der flachen Routen, das müsstest du schauen, was für Radler angeboten wird. Ich kam zum oder vom See immer via Hochplateau des Jura. Zwischen Nyon und Les Rousses (beim See Lac des Rousses) kenne ich sogar drei Routen, dazu müsstest du aber erstmal irgendwo auf das Hochplateau hochfahren, z.B. vom Neuenburger See. Es gibt da durchaus Passübergänge, die nicht so schwer wären, z.B. von Yverdon über Orbe (berühmte Grotte) zum Lac de Joux. Dann bist auf dem Hochplateau und man kann mit leichteren Hebungen und sogar oft flach fahren bis Les Rousses, von dort ist z. zum Col de la Givrine kaum mehr Höhe zu leisten, dann geht es runter Richtung Nyon. Es gibt noch Routen umwegiger über Gex, Divonne-les-Bains und ganz verwegen einsam über den Col de Combe Blanche nach Divonne-les-Bains. Für dich wäre wohl Givrine über Ste-Cergue die beste Wahl.

Die Variante über Bern, Fribourg mit dem Lac d'Hongrin wäre jedenfalls schwerer (ist auch mehr als nur eine Anstieg durch das sehr zerworfene Hochplateau, anders als das Jura-Hochtal), zeigt aber ein ganz ungewöhnliches Stück Schweiz. Eine Priorität hätte ich da landschaftlich nicht, beide Varianten halte ich für gleichwertig, nur ganz verschieden. Der Vorteil von der Lac-d'Hongrin-Route wäre, dass noch ins Rhone-Tal abfährst, bevor der Genfer See kommt und du dann ein ganzes Ufer abfahren kannst. Außerdem ist da noch ruhiger als mit der Jura-Variante.

Ein Priorität für ein Genfer Ufer habe ich nicht. Ich glaube aber, dass du die frz. Seite ruhiger gestalten kannst, wenn auch ein paar Straßenstücke mit mehr Verkehr dabei sein können. Die starke Bindung an eine Hauptachse wie auf der Schweizer Seite hast du da aber nicht. Das Schweizer Ufer bietet dir immer wieder Ausblicke über den See zu den schneebedeckten Alpenketten u.a. des Mont-Blanc. Es ist also etwas wie am Bodensee. Schiff kann man machen, braucht aber viel Zeit und wird wohl auch recht teuer. Das ist am Bodensee wegen der Fähren und schmalerem Bauch besser. Die Verteilung der schöneren Orte ist aber nicht ganz so eindeutig, z.B. kann man die Schweizer Perle Nyon mit der frz. Perle Yvoire vergleichen, Montreux mit Evian-les-Bains usw. - also durchaus gleichwertig. Ob Lausanne sein muss, mag ich nicht bewerten - meine Erinnerungen sind da auch etwas blass. Ich würde die Route nicht davon abhängig machen.