Liest sich bissl skuril und bissl, als ob du den Fahrradhändler ordentlich vergrault hast. Vertreibt der überhaupt Velotraum-Räder?
Ich kenne es bisher immer so, dass die Ergonomieberatungen/Velochecker oder wie auch immer man es nennt mit einer (Schutz)beratungsgebühr belegt sind, die nicht in Rechnung gestellt wird, wenn man dort ein entsprechendes Rad kauft. Finde ich völlig ok, ist ja eine Dienstleistung die erbracht wird. Wichtig wäre aus meiner Sicht, dass du, wenn du zahlst, das Ergebnis in Form von festen Geometriedaten mit nach Hause nehmen kannst.
Lieferzeiten von bis zu 3 Monaten sind bei Fahrrädern durchaus üblich. Vor allem jetzt in der Hochsaisonphase und wenn es um zu konfigurierende Räder geht (und nicht Serienräder, die in großer Stückzahl den Winter über schon zusammengeschraubt wurden).
Zeitnot ist überhaupt kein guter Einkaufsberater, vor allem wenn es um doch recht preisintensive Entscheidungen geht. Du ärgerst dich nachher doppelt. Hinzu kommt, dass ich mir bei 12 Wochen einen Puffer lassen würde. Kann da immer was dazwischen kommen, dass es letztlich doch 15 Wochen werden...
Ja, Metallic-Lacke sind nicht mehr so in Mode und kosten wenn dann Aufpreis. Gibt Lackierungsspezialisten (Kwadi in Bielefeld wird z.B. oft genannt). Eventuell ist es möglich, darüber einen Spezialfarbwunsch zu erfüllen - kostet aber immer extra, Zeit und Geld.
Die 3mm Kettenlinienunterschied würde ich persönlich nicht überdramatisieren. Die Rohloff wird doch normalerweise sowieso mit Kettenschaltungsketten gefahren, die sind auf viel mehr Schräglauf ausgelegt. Aufpreis für besagten Umbau finde ich ok, ist ja Zusatzarbeit.
Wenn du die Nabe mit 36L raussuchst, wird der Hersteller hoffentlich die dazu passende Felge nehmen, fällt ja spätestens bei der Laufradherstellung auf. Die Konfiguratoren sind aber fern davon perfekt zu sein, da gehen manchmal abstruse Dinge oder eigentlich mögliche werden verwehrt.
Das mit der Kurbel liest sich alles sehr dubios. Sind das nicht beides Kurbeln mit außenliegenden Lagern, einmal Truvativ (GXP), einmal Shimano (HT2)? Welche der beiden Lager länger halten - hm, das sollen mal andere bewerten. Festfressen können sich bei beiden die Lagerschalen und wer dann noch weiter fährt, ruiniert die Lagerwelle. Bei beiden Kurbeln. Quasi gleiche Technologie, nur etwas andere Maße. Oder übersehe ich da was?
Aber: Die 90€ sind zu viel. Da nimmt der Radhändler ja einfach den Preis für die ZEE und rechnet die ausgebaute Kurbel nicht gegen (gut, der Montagepreis kommt noch hinzu). Nur: Warum überhaupt die Kurbel tauschen? Entsprechende LK104mm-Kettenblätter mit 38Z habe ich ab etwa 15€ gesehen.

Vielleicht nicht von SRAM/Truvativ, aber auch andere Mütter haben schöne Töchter in LK 104mm...
450€ Aufbaupreis finde ich ziemlich happig. Aber wenn man als Händler seriös wirklich die Zeit und Aufwand rechnet, mag das hin kommen. Meist machen die halt eine Mischkalkulation. Beziehen die Komponenten günstiger (z.B. auch bei den verdächtigen Online-Versendern) und stellen den UVP in Rechnung. Dafür werden für die Dienstleistungen kleinere Posten aufgerufen.