In der Tat.
Der Cisalpino ist ein zweiteiliger Triebzug mit je zwei Stellplätzen in Längsrichtung, ähnlich dem TGV. Die Züge sind meist proppenvoll, die Stellfläche mit Koffern zugerümpelt; Hier die Wagenreihung mit Fotos. Es dürfte also schwierig werden.
Aber warum habt ihr nicht eine Verbindung gebucht, bei der die Radmitnahme in der Schweiz problemlos möglich war? Ich würde in Basel zum Schalter gehen und um Umbuchung bitten: beim Kauf der Fahrkarten hätte der DB-Mitarbeiter Mist gebaut. Ich las in Bahnforen, dass SBB-Mitarbeiter (es arbeiten immer ausschließlich SBB-Zugbegleiter auch auf internationalen Zügen in der Schweiz) durchaus Nachforderungen erheben, wenn man im falschen Zug sitzt.