Der EC wird wohl von der DB betrieben, also eher deutsches Personal. Plan A macht den meisten Sinn. Die Radreservierung ist ohnehin recht unübersichtlich, auch in der Schweiz. Das entschuldigt am meisten, einige Zugbegleiter verstehen das System selber nicht mit den Ausnahmen.
Zugpreisbindung hebt sich auf, wenn die Bahn die Ursache liefert (Anschlusszug verpasst wegen Verspätung, Zugausfall etc.). Dafür braucht man aber irgendeinen Vermerk vom Schaffner oder von einem Infopoint. Ansonsten müsstet ihr euch auf Aufpreise einrichten.
Beide Varianten sind eher Pioniererfahrung, kann man nicht vorhersagen. Wird mal so, mal so ausgehen. Ich bin vor Jahren auch mal irregulär mit ICE auf der Strecke Zürich - Stuttgart mitgenommen worden. Da überschnitten sich auch verschiedene Dinge wie Inkompetenz des schweizerischen Verkaufpersonals wie auch Kulanz des deutschen Zugbegleiters. Etwas anders war auch mal ein EC aus Österreich nach Deutschland, der über keine Radmitnahme verfügte, ebenfalls deutsches Personal. Musste etwas verhandeln, dass ich mitgenommen wurde, letzte Rückfahrt-Option am selben Tag bis Stuttgart war in beiden Fällen mitentscheidend. Bei Nachfolgezügen durch verpassste Anschlüsse gab es bei der Radmitnahme nie Probleme, was aber auch an den Fahrzeiten lag (innerhalb Deutschlands, morgens/vormittags). In Frankreich ist wieder ein anderes Kapitel, muss man mehr betteln. Für die Schweiz spricht wiederum, das Velomitnahme im Fernverkehr grundsätzlich etablierter ist als bei uns oder in Frankreich.