So ganz detailliert habe ich nicht Zeit alles aufzuarbeiten. Deine Jura-Route ist ganz passabel - zumindest unter der Maßgabe, einigermaßen flott durchzukommen. DER Jura ist allgemein schwierig in Griff zu bekommen wegen der Talerverläufe. In der Schweiz sind halt mehr die großen Seen, die kleinen sind mehr in Frankreich und dort die überwiegende Zahl der Karstquellen (mit Wasserfällen).

Nyon ist schon mal ein schöner Ort, dorthin von Genf aber nur Durchschnitt. Dein Route - Le Pont ist abwegig von der Straße - weiß nicht, ob das geht. Die Straße hingegen führt an einer Zufahrt zu der Grotte bei Vallorbe vorbei - einen Besuch empfehle ich. Bei Le Locle lohnt ggf. ein Runterfahren zum Doubs und dortigen Wasserfall Saut du Doubs, Auffahrt anschließend auf Piste möglich, dann bereits nördlich von La Chaux-de-Fonds. Wenn dir an schönen Orten liegt, würde ich nach dem Col de la Croix noch Porrentruy mitnehmen.

Die Frage nach dem Lac de Neuchâtel verwirrt mich etwas, weil du deine Route da nicht vorbeigeführt hast. Der See ist nicht überlaufen. Das Ostufer ist noch ruhiger als das Westufer (Bahnlinie). Am Südende zwischen Grandson und Yverdun ist ein schöner Camping. Vielleicht ist es aber für deine Routenführung noch besser, wenn du zunächst oben bleibst und entlang der Areuse zu Mitte/Nord des Neuenburger Sees fährst (Cortaillod). Von Noiraigue gibt es eine ganz verwunschene Route (Asphalt). Abstecher zu Creux du Van dort auch denkbar. Die erneute Auffahrt könnte dann am Bieler See bei Twann zum Chasseral erfolgen. Am Nordufer Bieler See sind sehr schöne Orte und Weinhänge, allerdings durch Bahnlinie auch etwas beengt. Lohnt aber. Bei dieser Variante würde aber Le Locle/Saut du Doubs eher entfallen.

Mehr Lesestofff von mir zum Jura:

Große Juraprüfung 2012: auch eine gedankliche Basiseinführung in das "Jura-Phänomen". Mit Fourmstreffen Biel.

Le Grand Boucle du Doubs: Zwei Kurzreisen 2016/17 um die große Doubs-Schleife herum mit einer gedanklichen Fortsetzung der Großen Juraprüfung.

Herbstreise Schweizer Jura 2010: Eine sehr anspruchsvolle Herbstreise im Norden zwischen Biel und Hochrhein, Ergänzung auch zum Uhrenland des vohergehenden Berichts.

Lyon - Offenburg: Ein knappes Kapitel aus einer weit größeren Reise mit dem Jura als kleiner Teilbereich. Eher für eine flotte Durchfahrt auf frz. Seite gedacht.

Ab Basel: Der Schwarzwald bietet genug, dass Elsass/Vogesen nicht nötig ist. Von Süden lohnt z.B. Kandertal und über den Blauen nach Badenweiler. Weniger anspruchsvoll, aber auch sehr schön ab Kandern in Halbhanglage (Sehringen, Lipburg) nach Badenweiler mit vielen Streuobstwiesen. Von Badenweiler gibt es einen direkten Übergang nach Britzingen, wird oft übersehen. Dort lohnt die Hügelroute durchs Markgräflerland nach Staufen - viele Weinberge. Man kann ähnlich weiter bis Freiburg fahren (Hexental). Willst du Schauinsland einbinden, ist die Auffahrt über St. Ulrich nach Geiersnest (dort kurzer Teil Piste) lohnenswert. Willst du bereits südlicher ein größeren Bogen durch den Hochschwarzwald fahren, würde ich mal die Todtnauer Wasserfälle ins Spiel bringen mit Überfahrt Notschrei (Schauinsland könnte man anhängen).

Kaiserstuhl Totenkopf war ich noch nie oben, aber viel drumrum. Oberbergen - Bötzingen ist jedenfalls eine schöne Strecke, deine Südanfahrt von Ihringen auch gut. Ab Riegel würde ich ändern, weil ein Stück langweilig. Ich würde über Malterdingen und Freiamt ins Kinzigtal wechseln (Schweighausen, Welschensteinach, Steinacj). Ist natürlich dann etwas anspruchsvoller als in der Ebene.

Wenn die Reise nicht in Offenburg sondern Karlsruhe enden soll, muss man nicht nach Offenburg. Es gibt zahlreiche Varianten nach Norden. Ein nicht zu schwierige Variante wäre ab Steinach Kinzigtal, ab Schenkenzell Kleine Kinzig, Freudenstadt, Murgtal ab (Radweg) nach Rastatt. Dazwischwen sind natürlich noch viele Varianten denkbar mit teils auch sehr steilen Anstiegen.

Mein Basiswerk mit gesammelten Touren zum Thema Black Forest: Neues vom Schwarzwaldboten