Vorsicht bei dem Begriff "Direktflug". Der wird von Fluggesellschaften gerne genutzt um zu kaschieren, dass es sich tatsächlich um zwei verschiedene Flüge handelt, die ggf. sogar unter einer Flugnummern vermarktet werden.

In deinem Beispiel Berlin-Bilbao kann es zum Beispiel heißen:
Flugnummer YY1234
In Wirklichkeit ist es Berlin-Lummerland-Bilbao
Flugnummer YY1235 und YY1236

Das ist völlig legal, sorgt aber immer wieder für Verwirrung. Lustig wird es dann wenn obiger Flug YY1236 mit einem Codeshare-Partner durchgeführt wird. Dann hat der zwar auch die Flugnummer YY1236, in Wirklichkeit ist es aber eine ganze andere Airline mit der Flugnummer XX4567. Neben der eigentlichen Flugnummer der operierenden Fluggesellschaft (mit deren Flieger man fliegt), kann so ein Flug zwei, drei oder noch mehr Flugnummern von Codeshare-Partnern haben, die diesen Flug als ihren eigenen vermarkten (dürfen).

Wenn ich mir Berlin-Bilbao Ende November ansehe dann bieten dort z.B. Air France, KLM und Iberia Flüge mit einem 1 Stopp an. Dieser Stopp wird in ihren jeweiligen Hubs (Paris, Amsterdam, Madrid) stattfinden. Und dort wechselt man das Flugzeug, auch wenn es den Eindruck erweckt, man würde nur eine Zwischenlandung einlegen.

Meines Wissens nach gibt es keine Fluggesellschaft die nonstop von Berlin nach Bilbao fliegt. Auch Ryanair nicht, denn Santander ist nicht Bilbao, obwohl sie es als Bilbao verkaufen. Und da Flüge mit Zwischenlandung (d.h. man bleibt im selben Flieger) zumindest in Europa auf Kurz- und Mittelstrecken so gut wie ausgestorben sind, kannst du davon ausgehen dass du das Flugzeug wechseln musst, egal wo du zwischendrin landest.