Wenn ausschließlich Wasser darin transportiert wird, braucht es eigentlich keine Reinigung. Habe zumindest meine diversen Wasserbeutel, in denen immer ausschließlich Wasser war, nie gereinigt und auch nie eine geschmackliche Veränderung feststellen können. Wichtig ist aber, daß ein Beutel bei Nichtgebrauch gut getrocknet wird.
Sollte man dennoch irgendeine Hysterie verspüren, kann man ja vor Beginn der (Wieder)Nutzung erstmal eine hohe Dosis Entkeimer in den teilgefüllten und luftleeren Beitel hinein geben.