Vermutlich eben und auf Radwegen sollte Isar und dann Donau abwärts sein, definitiv ab Rosenheim den Inn abwärts. Irgendwo bei mir liegt ein Bikeline Buch zum Mozart-Radweg, mit mehreren recht direkten Varianten Rosenheim/Kufstein - Salzburg.

Nicht zuletzt ist der Schlenker über Tirol ein beträchtlicher Umweg. Dazu ist die Gerlos nicht zu unterschätzen, und Abtenau ein unnotwendiger Abstecher.

Wenn es durchs Gebirge gehen darf/soll würde ich ab München nach Salzburg, dann Tauernradweg bis Bischofshofen, dort Richtung Radstadt auf den Ennsradweg bis Selzthal, den Radweg nach St.Michael in der Obersteiermark, ein kurzes Stück Murradweg bis Bruck, den Mürzradweg auf den Semmering, und Gloggnitz-Wien gibts auch noch Radwege. Diese Route führt durch Gebirgslandschaft, hat eine Reihe kurzer Anstiege, ist aber ohne nennenswerten Berg.