Bei dem ganzen Wirrwarr um Oberbayern, Niederbayern, Oberpfalz, Oberfranken, Mittelfranken, Unterfranken und Schwaben vermisse ich nur noch Niederfranken

Danke @alle, die Strecke von Mainz bis Passau ist damit relativ sicher.
Eure Tipps hab ich bis jetzt mal in meine Route eingepflegt. Mit der bayerischen Vermessungsverwaltung, BaseCamp und den OFM Karten geht das heute ja Ratzfatz und ersetzt so manchen Erdkundeunterricht.

Ergebnis bei GPSies:
zu 1. die Abkürzungen am Main nehme ich mal auf dem Navi mit. Vielleicht regnet es ja.
zu 2. Dem Tipp mit dem Regnitztal-Radweg folge ich ab Frauenaurach. Das scheint mir eine gute Strecke nach Nürnberg rein zu sein. Anschließend werde ich dann auf jeden Fall am alten Kanal und der Altmühl entlang nach Regensburg fahren.
Ab Nürnberg wäre alternativ die 5-Flüsse Route über Amberg entlang der Pegnitz und der Vils nach Regensburg sicherlich auch schön. Wahrscheinlich werde ich das erst vor Ort entscheiden. Die Tauber-Altmühl Variante behalte ich mal im Hinterkopf.
zu 3. Die Sumavská magistrála habe ich fest eingeplant und werde ihr von Železná Ruda (Markt Eisenstein) bis Stožec (Tusset) folgen. Danke für den Verbindungstrack nach Haidmühle. Sicherlich wäre der weitere Verlauf wunderschön, aber das muss noch warten. Dann könnte ich aber auch in Ceský Krumlov vorbei schauen. (Vielleicht Berlin-Prag-Wien mit dem Besuch eines Umzugsunternehmers und seiner Prinzessin )

zu 4. Passau - Mondsee – Königsee
Da bin ich mir noch nicht im Klaren darüber, welcher Seite ich dem Inn bis Bad Füssing den Vorzug geben soll. Weiterhin bin ich nicht sicher, welche Seite von Atter- und Mondsee die schönere ist?

zu 5. Königsee - Bodensee
Dem Hochfelln werde ich wohl nicht die Ehre erweisen, da ich unbedingt auf die Nordseite des Chiemsees und vielleicht noch nach Glonn möchte

Gruß
Jürgen, der sich immer mehr auf Bayern freut