Ich würde mir da keine großen Gedanken machen. Die FAQ bei tubus sind da ja recht zuversichtlich, was die Qualität (die aber keine Pulverbeschichtung zu sein scheint) angeht.
Ich selber habe eine Cargo und einen Duo im Gebrauch (Cargo seit 2-3 Jahren, Duo seit ca. 1 Jahr), die beide an den Berührungspunkten mit den Taschen solche Stellen haben und teilweise Rost zeigen. Juckt mich nicht.
Zum Schutz könntest du noch kleine Streifen Klebefolie

(wurde bei mir mitgeliefert, sollte aber jeder Radhändler auch haben) an die relevanten Stellen machen.

P.S. Den Fly würde ich nicht zurückgeben, sondern die "Schutzbleche" ... ;-)