Hm, das mit einem alternativen Pufferakku dürfte schwierig werden. Also ja, dieses load throug /passthrough oder wie auch immer ist Voraussetzung, aber das Hauptproblem ist die Spannung. Sind beim Pufferakku ja 5V, zumindest stabilisiert am Ausgang. Klassische Akkuzellen arbeiten alle mit anderen Spannungen, sprich da ist im Pufferakku noch ein Spannungswandler verbaut.
Die einfachste Lösung in deinem Fall dürfte sein den Pufferakku vorsichtig zu öffnen, die Platine sollte noch in Ordnung sein, die kann man weiterverwenden und die Akkuzellen auszutauschen. Setzt aber Bastelgeschickt und Elektrokenntnis voraus, die jene von Normalkunden übersteigt.