Der Link zu Caledonian MacBrayne war schon da. Nicht alle Fähren fahren täglich. Auf den kleinen (z.B. von Lewis-and-Harris nach North-Uist) müssen die Abfahrten kurzfristig verifiziert werden und die Fahrradmitnahme ist beschränkt. Die Alternative wäre die Fähre von Harris zurück zur Insel Skye und von dort wieder raus auf die Äußeren Hebriden. Das macht faktisch zwei ganze Tage, statt einer Stunde.
Ich weiß nicht wann du dort übergesetzt hast, aber letztes Jahr war es überhaupt kein Problem. Es gibt zwei tägliche Überfahrten zwischen Berneray und Leverburgh. Einzig die Tiden haben manchmal Einfluss auf die Fährzeiten. Da sollte man sich vorab informieren.
Fahrradmitnahme war absolut problemlos. Ich habe die Morgenfähre genommen und bin etwa 45 Minuten vor Abfahrt an der Fähre gewesen. Vorbuchung war nicht nötig und ich habe erst auf der Fähre bezahlt, da es an Land in Berneray keinen Kassierer gab. Nur für Fahrradgruppen von sechs oder mehr Personen ist eine Voranmeldung nötig.
Vermutlich bietet sich die morgendliche Fähre eher für Radler an, da zumindest in Berneray die Übernachtungsmöglichkeit beschränkt ist und eine Überfahrt um 8 Uhr für viele Radler mit Anreise wohl zu früh ist (außer sie nutzen das Hostel in Berneray in der Nähe der Fähre). Wie die Situation Richtung Süden ab Leverburgh ist, kann ich nicht beurteilen.