Es gibt eigentlich x schöne Varianten, ganz ohne Rhein und Radwege braucht man auch nicht zwingend dabei.
Wenn man dem Schwarzwald nicht komplett von Süd nach Nord durchfahren will, bietet sich an zb in Furtwangen, St Georgen oder Triberg einzusteigen. Villingen eher nicht so sehr, das liegt ja nicht so richtig mitten drin.
Die Rheinvariante ist halt gut für eilige mit Bahnphobie, das kann man nämlich zur Not an einem Tag fahren.
Du hast ja noch Zeit. Vom Jura aus würde sich halt ein Vogesenschlenker quasi anbieten. Wir sind schon sehr oft so gefahren (über den Sundgau zb Altkirch oder Porrentruy) .
Wenn ich mal Zeit habe, kann ich Dir mal einen Streckenvorschlag basteln.
Gruß
Nat