Der Weg dürfte eher über Spittal und Salzburg/München gehen als über Brenneroute. Von Lienz findet sich eine ICE-Tag- und eine Nachtzugvariante mit 3mal umsteigen bis Flensburg. Nachdenken würde ich ggf. auch immer über eine Bahnreise mit Zwischenstop, wenn man dadurch angenehme Teilfahrten einrichten kann - gerade mit Kindern unterwegs.