Ich war da nur ohne Fahrrad unterwegs und das auch schon vor 6 Jahren, deshalb kann ich nur bedingt Tipps geben. In Cusco gab es ein günstige Unterkunft "la Estrellita" die sehr fahrradfreundlich eingestellt waren. Zusätzlich gab es ein Gästebuch in dem in allen erdenklichen Sprachen Beschreibungen von Gästen für guten Touren vermerkt waren. Ich habe z.B nach diesen Beschreibungen die sehr schöne 3tages Tour nach Choquequirao gemacht, der "Schwesterstadt" von Machu Pichu. Da Choquequirao nur zu Fuß zu erreichen ist (war?) hat man eine ganz Ruinenstadt fast für sich allein ohne die super teuren Zugtickets und Eintrittspreise zahlen zu müssen.
Kann aber sein das diese jetzt schon ihren Charm verloren hat da dort wohl inzwischen eine Seilbahn hin gebaut werden soll.