Auf der Baja selbst fand ich die "Mitte" und den Süden interessanter als den Norden, der allerdings radtechnisch leichter zu schaffen war (keine Wüste mehr). Um Ostern rum ist die Baja total überlaufen; dann gibt es sogar richiggehend Verkehr (und - zu? - volle Hostels).
Wie kommt man zur Baja? Am leichtesten mit einem Anschlussflug aus Mexiko-Stadt. (Oder eben halt doch von San Diego/USA aus).

In Mexiko gibt es ein ganzes Netz von Inlandsflügen, allerdings nicht so super-günstig wie in Europa (Umstieg meist in Ciudád de México). Von Mazatlán aus (dort fahren von der Baja aus die Fähren hin) oder auch Puerto Vallarta hat man zahlreiche Weiterflugmöglichkeiten.
Bei Busfahrten würde ich nur die besten (und leider teuersten) Linien nehmen.

Zentralmexiko gilt als altes Kernland, sehr vielfältig und sehenswert, aber du wirst aussuchen müssen, wenn deine Zeit limitiert ist.
Eventuell wäre eine Tour von Puebla oder Taxco aus Richtung Oaxaca und weiter nach Chiapas eine Option.