Hallo Katharina,
wir haben uns anno 2010 von Passau faulerweise nach Haidmühle (auf dem Kamm des Böhmerwalds) fahren lassen und haben uns dann knapp zwei Wochen immer dieseits und jenseits der CZ/AT - Grenze bewegt, wobei wir schon die kleinen, netten Städtchen wie Krumau, Budweis, Telc usw. mit besichtigt haben. Alles mehr oder weniger Nebenstraßen/Waldwege, die in CZ vorbildlich beschildert sind. Nach zehn Tagen waren wir in Laa/Thaya (AT). Von dort kommt man per S-Bahn nach Wien oder man fährt noch (wie wir) weiter durch den mährischen Karst Richtung Olmütz (auch sehr schön).
Südböhmen ist mit Weltkulturerbe-Orten förmlich zugeschüttet. Einfach mal "Weltkulturerbe Böhmen" in die von Dir präferierte Suchmaschine eingeben. Es gibt auch eine ganze Menge professioneller Anbieter (will hier keine Werbung machen, findet man aber), an deren Tourenführung man sich ein paar Ideen abschauen kann.
Unsere Route ist noch bei cycloserver.cz (geniales Tool) zu finden. Gib mal unter Routes als Titel "FEUFS" ein. Übernachtungsliste sende ich gerne als PM.
Gruß Frank