Tja, da hast du dir wohl selber ein Bein gestellt... Ich würde zur indischen Botschaft gehen und denen das Problem erklären, und zumindest ersuchen, falls der Pass dort bleiben muss, dass du dir ne Kopie deines Passes + aktuellem Einreisestempel machen darfst. Kopien sollte man immer haben (oder Fotos) der aktuellen Daten.
Am einfachsten geht es wenn man ein Land mit dem Flieger verläßt und in dem neuen Land mit dem Zweitpass einreist. Wenn ein Visum erforderlich ist sollte das natürlich auch in diesem Pass sein. Wegen der 2 Pässe Problematik würde ich mir keinen so großen Kopf machen. Von Ausnahmen abgesehen solltest du keine Probleme bekommen (also Knast wg. Verdacht auf Spionage), wenn du den Grenzern freundlich aber bestimmt erklärst, warum du 2 Pässe hast - schliesslich macst du den Visumszirkus ja nicht aus Jux und Tollerei mit.