Die Route an der Fulda bis Hann. Münden und dann an der Werra aufwärts ist sicherlich die steigungsärmste Variante. Ich kenne sie bis Bad Sooden-Allendorf, und zumindest auf diesem Abschnitt ist sie gut ausgebaut. Ich vermute, dass es im weiteren Verlauf ebenso ist. Bei Interesse für die deutsche Nachkriegsgeschichte ist es erwähnenswert, dass die Werra auf einigen Abschnitten die innerdeutsche Grenze bildete. Einige Dörfer in diesem Bereich wechselten in den 1940er Jahren die Seite, da auf Wunsch der westlichen Siegermächte ein Gebietstausch erfolgte, der die Unterbrechung der damals weichtigen Nord-Süd-Bahnverbindung verhinderte.
Auch den Herkules-Wartburg-Radweg bin ich schon gefahren. Von der Steigung her ist er eher moderat, wenn auch nicht mit den Flussradwegen zu vergleichen. Dafür ist diese Route nicht so stark frequentiert wie Fulda- und Werraradweg, was in der Hochsaison von Vorteil sein kann.
Den Übergang von Rotenburg an der Fulda ins Werratal kenne ich nicht. Ich könnte mir vorstellen, dass dieser die steigungsreichste der Varianten ist, aber ich kann es nicht mit Gewissheit sagen.
Bei allen in Frage kommenden Routen liegt Creuzburg auf dem Weg. Hier ist das Biohotel eine Empfehlung wert. Dieses liegt in Fahrtrichtung Eisenach kurz hinter dem eigentlichen Ort direkt am Werraradweg. Dort habe ich vor einigen Jahren übernachtet und sehr gut zu Abend gegessen. Dabei hatte ich Glück, noch etwas zu essen zu bekommen, denn der Küchenschluss ist recht früh.