Zufällig war ich letztes Wochenende da (zwischen Ingolstadt und Regensburg). Es gab schon ziemliches Hochwasser, allerdings war eigentlich alles schon fahrbar - teilweise lag noch der Matsch auf dem Radweg. Es hat die Woche nochmal geregnet, aber jetzt ist es ein paar Tage schön, deshalb denke ich dass bis nächstes Wochenende alles OK sein dürfte.
So oder so, überschwemmte Teile sind immer mit Schildern markiert und abgesperrt (man konnte oft trotzdem ganz gut fahren). Vor Ort sind viele Spaziergänger und Radler, die kann man fragen, es gibt viele Möglichkeiten zum Ausweichen.
Was die weitere Strecke betrifft so sind eigentlich große Teile des Radwegs auf Dämmen, deshalb sind eh nur einzelne Teile betroffen. Ich würde auf alle Fälle trotzdem starten - am Besten mit einer guten Karte oder Navi, dann kann man immer schnell eine Umleitung finden.