Wie Andy kann ich auch nichts richtig zuordnen bzw. außergewöhnliche Geräusche feststellen. Ich vernahm an meiner auch noch relativ neuen 540 neulich auch nicht normale Geräusche. Die waren aber weg, nachdem ich den Bremskörper einmal abgenommen und dann, mit Druckluft durchgeblasen, wieder montiert hatte.
Dass die 540-HR-Nabe etwas weniger leicht läuft als eine SON im Vorderrad, ist normal. Das liegt am Freilauf. Am Hinterrad muss immer ein gewisser, vom Freilauf verursachter Widerstand überwunden werden; und der ist bei einem Zahnscheibenfreilauf auch noch etwas größer als bei den meisten Sperrklinkenfreiläufen. Ich merke das immer wieder, wenn ich die Hinterräder mit meinen beiden DTSwiss-Naben (240 und 540) mit den mit XT- und XTR-Naben im freien Lauf vergleiche. Besonders krass ist der Unterschied, wenn ich zum Vergleich mein Hinterrad mit dem sehr filigran aufgebauten (Sperrklinken-)Freilauf der White Industries-Nabe zum Vergleich nehme. Um den Widerstand des Freilaufes auszuschalten, brauchst Du nur die Kette abzunehmen. Dann kannst Du besser beurteilen, ob mit der Nabe (den Lagern) etwas nicht in Ordnung ist.
Zu Freilaufgeräusch der 540: Du kannst die serienmäßig eingebauten Zahnscheiben mit 18 Zähnen gegen solche mit 36 oder sogar 54 Zähnen austauschen. Dadurch ändert sich nicht nur das Laufgeräusch (bei der 54er ganz extrem), sondern - viel wichtiger - auch der Leergang nach dem Wiederantritt. Von 20° bei 18 Zähnen (360/18) auf 10° und 6,67°.
Ganz billig ist so ein Zahnscheibensatz allerdings nicht. Es sind aber immer die beiden Federn und ein kleines Döschen mit dem roten Spezialfett dabei.