In GEarth wird der geladene Track angezeigt. Wenn du darauf mit Rechtsklick auf "Eigenschaften" gehst erscheinen die einzelnen Trackpunkte und ein kleines Menüfenster. Das schiebst du beiseite, ohne es zu schließen. Jetzt kannst du mit der Entfernen-Taste Trackpunkte löschen. Am Ende gehst du im Menüfenster auf "OK" und kannst wiederum mit Rechtsklick den Track abspeichern.
Im Wiki haben wir eine Hilfeseite zu dem Thema. Muss ich mal suchen ...