Ich würde in jedem Fall das Rad in Bayonne auspacken. Du kannst dir die entsprechenden Züge auch auf der SNCF-Seite nochmal anschauen, ob sie ein Radsymbol haben - das bedeutet dann automatisch unverpackte Radmitnahme. Bei 6 h Aufenthalt und gut 50 km bis St-Jean-Pied-de-Port würde ich aber gleich mit dem Rad in Bayonne losfahren. Du wirst früher als der Zug da sein, vermutlich sogar dann, wenn du noch eine Stunde in Bayonne Schinken und Schokolade einkaufen und die schmucken Fachwerkhäuschen anschauen solltest (der Zug braucht ja auch noch seine Fahrtzeit). Die Strecke ist auch nicht gerade eine harte Bergtour.