Wenn es primär um den Weg zurück geht, ist Warschau m.E. die günstigere Alternative, da Du mit den Zügen flexibler bist. Von Warschau aus gibt es täglich vier durchgehende ECs nach Berlin und einen EN (der fährt auch weiter bis Köln). Von Prag aus gibt es lediglich einen durchgehenden EC nach Berlin (der spät abends ankommt) und einen CNL (der auch bis Köln fährt).

Von schlechten Erfahrungen kann ich in keinem der beiden Länder berichten.

Von der Strecke her gibts natürlich Unterschiede:

In Richtung Warschau kenne ich die Strecke hinter Poznan bisher nicht, nach Pfingsten kann ich Dir ein wenig mehr dazu schreiben. Prinzipiell ist die Gegend leicht wellig (eher flach), reich an Wald und Seen, ähnlich wie Brandenburg. Bis etwas hinter Konin könntest Du ab Miedzychod (Birnbaum, R1) den Warthe-Radweg nehmen (den werde ich zu Pfingsten erkunden). Von Konin bis Warschau könnte ich Dir bei Interesse eine Strecke zusammenstellen.

In Richtung Prag ist es zwischendurch eher bergig. Du kannst natürlich an der Elbe lang fahren, dort ist es auch flach. Da fährst Du durch die sächsische und die böhmische Schweiz sowie das böhmische Mittelgebirge mit seinen Vulkankegelbergen. Vermutlich ist es dort landschaftlich interessanter, dort ist aber auch deutlich mehr los. Du kannst auch durchs Erzgebirge fahren, das ist vom sportlichen Anspruch her heftiger. Die Berge sind zwar nicht viel höher als 1000 m, aber brüllend steil (15% sind keine Seltenheit). Du könntest auch an Oder und Neiße nach Süden bis Liberec fahren und dann qeur durch Nordböhmen nach Prag.

Generell ist Tschechien radtechnisch mehr erschlossen als Polen.

Obendrein sind es Luftlinie von Berlin nach Warschau fast 600 km, nach Prag nur ca. 300 km. Allerdings kannst Du in Richtung Warschau auch eher schon in einen Zug steigen (in Kutno, Konin oder Poznan).

Gruß
Thoralf