Leider kenne ich die Stecker der Shimano Nabendynamos nicht. Wenn bei denen nicht festgelegt ist auf welchen der beiden Adern die Masse liegt könnte es sein, dass das eine Laufrad passend zu Deiner Rücklichtverkabelung gepolt ist, das andere aber nicht. Oder aber beim zweiten Laufrad kommt der Masseschluss über die Achse aus irgendeinem Grund nicht zu Stande.
Grüße Martin