Wenn man sehr gründlich zentrieren möchte, empfiehlt es sich wohl, dass in einem Zentrierständer zu tun und dann eben mit "nacktem" Laufrad.

Ich persönlich zentriere frisch aufgebaute Laufräder unächst "nackt", später bei Bedarf aber eigentlich immer mit Bereifung. Da ich (immer noch) über keinen Zentrierständer verfüge, geschieht das bei mir im Fahrradrahmen.
Bislang hatte ich so keine größeren Probleme. Ideal ist zwar wohl was anderes, aber bislang funktioniert es so.