Ich bin beide Ufer schon gefahren und fand sie beide recht schön (aber auch relativ verkehrsreich). Das Ostufer ist aber eindeutig landschaftlich interessanter, dafür hat das Westufer keine Fahrradverbote. Wenn Du die im Bereich des Ostufers die Fahrradverbote beachten willst, kannst Du über Husquarna, Kaxholmen, Gränna und Ödeshög auf der alten E4/N50 fahren. Die Straße gibt es, sie hat aber leider praktisch keine brauchbaren Wegweiser. Zwischen Gränna und Ödeshög ist aber der schönste Abschnitt.

Nach Stockholm kannst Du mit relativ wenigen Ordnungswidrigkeiten kommen, wenn Du von Södertälje die N225 und dann die N226 über Tumba nimmst. Aber vielleicht ist es auch interessant, daß Du Dir den Stadtverkehr sparen kannst, weil in der Stockholmer Gegend einige S-Bahnen Fahrräder mitnehmen, so daß Du nicht bis in die Innenstadt selber fahren mußt.